Perl 语言学习
从语法特点、模块安装到生态项目的入门指南
Perl 背景
Perl 全称为 Practical Extraction and Report Language，意为「实用提取和报告语言」。
Perl 由 Larry Wall 于 1987 年创建，其灵感来自 C、sed、awk、shell 脚本以及许多其他编程语言的特性。
Perl 的哲学是「There’s More Than One Way To Do It」（通常缩写为 TMTOWTDI，发音类似「Tim Toady」），即「做一件事不止一种方法」。因此，Perl 也常被称为「程序员的瑞士军刀」。
Perl 特点
- Perl 语法类似于 C 语言（Perl 源于 Unix），语句由分号划分，代码层次使用花括号
{}划分，但不必显式声明变量类型。 - 标量变量以
$开头（如$name），数组以@开头（如@name），哈希以%开头（如%name），这三类是类型标识符；文件句柄则没有特殊前缀。 - 哈希可以用列表来创建，但访问键值时使用花括号
{}而非圆括号（这一点尤其需要注意）。 - 数值之间比较用
==、>=、<=、!=，字符串之间比较则用eq、gt、lt、ge、le。 print函数不一定需要括号，常见用法有：print $name（直接输出标量）；print '$name'（单引号原样输出，不会替换变量，基本不用）；print "$name"（双引号会自动替换变量，常用）。注意：当print用于向文件句柄输出时，句柄与列表之间不能用逗号，只能用空格分隔，例如print FH "hello\n";。@_是子程序接收参数的默认数组，可以从中取实参；$_是默认变量，表示在不显式指定时程序正在处理的当前变量；shift函数会将数组的第一个元素（即$array[0]）移出并返回。shift函数缺省时操作@_，因此常放在子程序开头用于接收参数，或放在文件开头用于接收命令行参数。- 文件句柄与文件的关系：文件必须先打开并被赋予句柄，才能操作；某些句柄可直接使用，如
STDIN、STDOUT、STDERR；广义上，标量变量也是一种代表数据的「句柄」。 - Perl 中数值和字符串都可以使用递增（
++）和递减（--）运算符。
Perl 模块安装
自 1994 年 10 月 17 日发布的 Perl 5.000 起，Perl 引入了模块（module）的概念，用以提供面向对象编程能力。这是 Perl 语言发展史上的一个里程碑。此后，社区开发者贡献了大量功能强大、构思精巧的 Perl 模块，极大地扩展了 Perl 的功能。
CPAN（Comprehensive Perl Archive Network，综合 Perl 归档网络）是 Perl 模块最大的集散地，收录了几乎所有的 Perl 模块。CPAN 自 1995 年 10 月起上线，据其官网统计，目前已收录由 14,000 余位作者上传的 4 万余个发行版（distribution）。
Perl 作为生物信息学数据预处理、文本处理和格式转换中的一把「瑞士军刀」，其强大与重要性不言而喻。下面介绍各平台下 Perl 模块的安装方法，以安装 Bio::SeqIO 模块为例。
一、Linux 下安装 Perl 模块
Linux/Unix 下安装 Perl 模块主要有两种方法：手工安装和自动安装。
- 手工安装：从 CPAN 下载所需模块的源码包，手工编译、安装。
- 自动安装：使用 CPAN 客户端自动完成下载、编译、安装的全过程。
手工安装
以 BioPerl 1.7.5 为例（当前最新稳定版为 1.7.8）：
tar xvzf BioPerl-1.7.5.tar.gz
cd BioPerl-1.7.5
perl Makefile.PL # 可选: PREFIX=/home/yourname/perl_modules
make
make test # 测试模块（可选）
make install
# 验证是否安装成功，若该命令无任何输出则表示成功
perl -MBio::SeqIO -e1自动安装
Linux/Unix 下自动安装 Perl 模块主要有两种方式：
- 使用
perl -MCPAN -e 'install 模块名'； - 直接使用
cpan 模块名命令。
二者本质上都是通过与 CPAN 交互来完成自动下载、编译、安装。初次运行 CPAN 客户端时需要做一些配置，执行下面的命令进入交互式 shell 即可：
perl -MCPAN -e shell开源项目参考
- lcov —— GCC 覆盖率测试工具的前端，生成 HTML 格式的代码覆盖率报告。
- Mojolicious —— Perl 实时 Web 开发框架。
- Dancer2 —— Perl 轻量级 Web 框架。
- MySQLTuner —— MySQL 性能调优脚本。